La letra eñe no existía en griego ni en latín. Parece ser que su origen se remonta a la época medieval.
Muchos monjes trabajaban entonces en los monasterios medievales copiando textos, elaborando códices. Puesto que era una tarea muy complicada y costosa, trataban de economizar esfuerzos; así, comenzaron a sustituir el grupo de letras nn, frecuente en latin y en las incipientes lenguas romances, por una ene n de tamaño normal sobre la cual se colocaba otra pequeña n simplificada (abreviatura de la segunda consonante del grupo). Esta se redujo a una pequeña línea, la vírgula, que todos conocemos: ~. La palabra latina annu pasó entonces a escribirse como añu.
